TU Wien:Bioinformatik VO (Mach)

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Daten[Bearbeiten]

Inhalt[Bearbeiten]

  • Grundlagen der Statistik
  • Werkzeuge & Algorithmen zur Suche ähnlicher Sequenzen
  • Sequenzabhängiges Design (PCR, Melt....)
  • Datenbanken
  • Multiples Alignment
  • Genomics
  • Protein: Sequenz, Struktur, Funktion
  • Klassifikation, Identifikation & Phylogenie
  • Demonstrationsbeispiel Sequenzanalyse Datenbankabfrage
  • Demonstrationsbeispiel Musteranalyse (Gelauswertung)

Ablauf[Bearbeiten]

Die LVA wird geblockt abgehalten (im Jänner Blocktermine in der Früh), die Vortragenden wechseln einander ab.

Benötigt/Empfehlenswerte Vorkenntnisse[Bearbeiten]

Biochemievorkenntnisse (z.B. aus Biochemie VO) sind äußerst empfehlenswert, sonst tut man sich eher schwer.

Vortrag[Bearbeiten]

Die Vorlesung wird von mehreren Vortragenden abgehalten, im allgemeinen herrscht ein guter Vortragsstil.

Prüfung[Bearbeiten]

Die Prüfung besteht insgesamt aus 30 Fragen, großteils Multiple-Choice. Bei den MC-Fragen wird großteils Theoriewissen, aber auch Verständniswissen abgefragt. Es gibt aber auch Aufzählaufgaben, kleinere Rechenaufgaben und Zuordnungsbeispiele-

Beispielfragen:

  • ESTs sind... (es folgte eine Auflistung von Fakten, von denen man die richtigen ankreuzen musste, darunter auch wofür die Abkürzung stehen kann), Anwendungsbeispiele der ESTs
  • SNPs sind... (es folgte eine Auflistung von Fakten, von denen man die richtigen ankreuzen musste, darunter auch wofür die Abkürzung stehen kann), Anwendugsbeispiele der SNPs
  • Anwendungsbeispiele der DNA Chips
  • Wie nennt man dieses Diagramm? (+ Abbildung eines speziellen Baumtyps),
  • Ordnen Sie A,B,C und D zu (es lag eine Grafik bei, die in einem speziellen Baum gewisse Objekte mit diesen Buchstaben markierte, sowie 5 (sic!) Begriffe(Clade, Branch, Node, Ancestor etc.), denen man diese Buchstaben zuordnen konnte)
  • Nennen Sie 4 Modellorganismen
  • was gehört zu sekundär Struktur eines Proteins (Coiled Coil, Helix Turn Helix...)
  • Nennen Sie 3 wichtige Bioinformatikdatenbanken
  • Nennen Sie 4 Einsatzmöglichkeiten der Genomanalyse
  • Berechnen Sie die Levensteindistanz zwischen TATAATAGA und TATATAGA, wobei sie als Kosten 1 für eine Ersetzung und 2 für Einsetzung oder Löschen verwenden initialisieren sie die Matrix mit 0,2,4,6,... .
  • Welche ist die richtige Reihenfolge? (Es folgten mehrere Reihenfolgen der Klassifizierung in Kingdom, Species, Order usw...)
  • Geben Sie die Formel für die Wahrscheinlichkeit und den Erwartungswert an.
  • Was ist molekulare Evolution?
  • Was ist die binäre Nomenklatur und warum ist sie wichtig?

Im WS 2009/10 kamen 8 offene Fragen statt den MC-Fragen. Inhaltlich waren sie aber in etwa mit bisherigen Prüfungen vergleichbar und damit nicht übermäßig schwer oder detailliert.

Weitere Prüfungsordner finden sich bei den Materialien.

Literatur[Bearbeiten]

Skriptum zur Vorlesung (siehe unten)

Zeitaufwand[Bearbeiten]

Ohne die LVA besucht zu haben, sollte man ein Wochenende bis eine Woche zum Lernen einplanen, wichtig ist hierbei vor Allem das Verständnis.

hilfreiche Links[Bearbeiten]

Wichtige Abkürzungen

The Biocomputing Glossary

BioComputing Hypertext Coursebook

Bioinformatik: Modellierung und Simulation

Wikipedia zum Thema Bioinformatics (umfassend)

Wo gibts Mitschriften, Skripten, Folien...[Bearbeiten]

Das Skriptum der Vorlesung kann hier kostenlos heruntergeladen.

Es besteht aus den folgenden Teilen:

Das Passwort besteht aus der LVA-Nr (mit Punkt in der Mitte).

Verbesserungsvorschläge / Kritik[Bearbeiten]

noch offen