TU Wien:Bioinformatik VO (Mach)

Diese LVA wird nicht mehr von dieser Person angeboten, ist ausgelaufen, oder läuft aus und befindet sich daher nur noch zu historischen Zwecken im VoWi.

Daten[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Diese LVA wird nicht mehr von dieser Person angeboten, ist ausgelaufen, oder läuft aus und befindet sich daher nur noch zu historischen Zwecken im VoWi.

Vortragende	Prof. Robert L. Mach, Andreas Farnleitner• Irina Druzhinina
ECTS	3
Links	tiss:166015 , Homepage

Zuordnungen
Masterstudium Biomedical Engineering
Masterstudium Medizinische Informatik

Inhalt[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Grundlagen der Statistik
Werkzeuge & Algorithmen zur Suche ähnlicher Sequenzen
Sequenzabhängiges Design (PCR, Melt....)
Datenbanken
Multiples Alignment
Genomics
Protein: Sequenz, Struktur, Funktion
Klassifikation, Identifikation & Phylogenie
Demonstrationsbeispiel Sequenzanalyse Datenbankabfrage
Demonstrationsbeispiel Musteranalyse (Gelauswertung)

Ablauf[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die LVA wird geblockt abgehalten (im Jänner Blocktermine in der Früh), die Vortragenden wechseln einander ab.

Benötigt/Empfehlenswerte Vorkenntnisse[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Biochemievorkenntnisse (z.B. aus Biochemie VO) sind äußerst empfehlenswert, sonst tut man sich eher schwer.

Vortrag[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die Vorlesung wird von mehreren Vortragenden abgehalten, im allgemeinen herrscht ein guter Vortragsstil.

Prüfung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die Prüfung besteht insgesamt aus 30 Fragen, großteils Multiple-Choice. Bei den MC-Fragen wird großteils Theoriewissen, aber auch Verständniswissen abgefragt. Es gibt aber auch Aufzählaufgaben, kleinere Rechenaufgaben und Zuordnungsbeispiele-

Beispielfragen:

ESTs sind... (es folgte eine Auflistung von Fakten, von denen man die richtigen ankreuzen musste, darunter auch wofür die Abkürzung stehen kann), Anwendungsbeispiele der ESTs
SNPs sind... (es folgte eine Auflistung von Fakten, von denen man die richtigen ankreuzen musste, darunter auch wofür die Abkürzung stehen kann), Anwendugsbeispiele der SNPs
Anwendungsbeispiele der DNA Chips
Wie nennt man dieses Diagramm? (+ Abbildung eines speziellen Baumtyps),
Ordnen Sie A,B,C und D zu (es lag eine Grafik bei, die in einem speziellen Baum gewisse Objekte mit diesen Buchstaben markierte, sowie 5 (sic!) Begriffe(Clade, Branch, Node, Ancestor etc.), denen man diese Buchstaben zuordnen konnte)
Nennen Sie 4 Modellorganismen
was gehört zu sekundär Struktur eines Proteins (Coiled Coil, Helix Turn Helix...)
Nennen Sie 3 wichtige Bioinformatikdatenbanken
Nennen Sie 4 Einsatzmöglichkeiten der Genomanalyse
Berechnen Sie die Levensteindistanz zwischen TATAATAGA und TATATAGA, wobei sie als Kosten 1 für eine Ersetzung und 2 für Einsetzung oder Löschen verwenden initialisieren sie die Matrix mit 0,2,4,6,... .
Welche ist die richtige Reihenfolge? (Es folgten mehrere Reihenfolgen der Klassifizierung in Kingdom, Species, Order usw...)
Geben Sie die Formel für die Wahrscheinlichkeit und den Erwartungswert an.
Was ist molekulare Evolution?
Was ist die binäre Nomenklatur und warum ist sie wichtig?

Im WS 2009/10 kamen 8 offene Fragen statt den MC-Fragen. Inhaltlich waren sie aber in etwa mit bisherigen Prüfungen vergleichbar und damit nicht übermäßig schwer oder detailliert.

Weitere Prüfungsordner finden sich bei den Materialien.