TU Wien:Bioinformatik VO (Mach)

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Daten[Bearbeiten]

Diese LVA wird nicht mehr von dieser Person angeboten, ist ausgelaufen, oder läuft aus und befindet sich daher nur noch zu historischen Zwecken im VoWi.
Vortragende Prof. Robert L. Mach, Andreas Farnleitner; Irina Druzhinina
ECTS 3
Abteilung Verfahrenstechnik, Umwelttechnik und technische Biowissenschaften
Links TISS, Homepage
Zuordnungen
M. Biomedical Engineering Pflichtmodul Schwerpunkt C oder "Prä-Modul-Ära" - EDIT ME
M. Medizinische Informatik Pflichtmodul Unbekannt oder "Prä-Modul-Ära" - EDIT ME



Inhalt[Bearbeiten]

  • Grundlagen der Statistik
  • Werkzeuge & Algorithmen zur Suche ähnlicher Sequenzen
  • Sequenzabhängiges Design (PCR, Melt....)
  • Datenbanken
  • Multiples Alignment
  • Genomics
  • Protein: Sequenz, Struktur, Funktion
  • Klassifikation, Identifikation & Phylogenie
  • Demonstrationsbeispiel Sequenzanalyse Datenbankabfrage
  • Demonstrationsbeispiel Musteranalyse (Gelauswertung)

Ablauf[Bearbeiten]

Die LVA wird geblockt abgehalten (im Jänner Blocktermine in der Früh), die Vortragenden wechseln einander ab.

Benötigt/Empfehlenswerte Vorkenntnisse[Bearbeiten]

Biochemievorkenntnisse (z.B. aus Biochemie VO) sind äußerst empfehlenswert, sonst tut man sich eher schwer.

Vortrag[Bearbeiten]

Die Vorlesung wird von mehreren Vortragenden abgehalten, im allgemeinen herrscht ein guter Vortragsstil.

Prüfung[Bearbeiten]

Die Prüfung besteht insgesamt aus 30 Fragen, großteils Multiple-Choice. Bei den MC-Fragen wird großteils Theoriewissen, aber auch Verständniswissen abgefragt. Es gibt aber auch Aufzählaufgaben, kleinere Rechenaufgaben und Zuordnungsbeispiele-

Beispielfragen:

  • ESTs sind... (es folgte eine Auflistung von Fakten, von denen man die richtigen ankreuzen musste, darunter auch wofür die Abkürzung stehen kann), Anwendungsbeispiele der ESTs
  • SNPs sind... (es folgte eine Auflistung von Fakten, von denen man die richtigen ankreuzen musste, darunter auch wofür die Abkürzung stehen kann), Anwendugsbeispiele der SNPs
  • Anwendungsbeispiele der DNA Chips
  • Wie nennt man dieses Diagramm? (+ Abbildung eines speziellen Baumtyps),
  • Ordnen Sie A,B,C und D zu (es lag eine Grafik bei, die in einem speziellen Baum gewisse Objekte mit diesen Buchstaben markierte, sowie 5 (sic!) Begriffe(Clade, Branch, Node, Ancestor etc.), denen man diese Buchstaben zuordnen konnte)
  • Nennen Sie 4 Modellorganismen
  • was gehört zu sekundär Struktur eines Proteins (Coiled Coil, Helix Turn Helix...)
  • Nennen Sie 3 wichtige Bioinformatikdatenbanken
  • Nennen Sie 4 Einsatzmöglichkeiten der Genomanalyse
  • Berechnen Sie die Levensteindistanz zwischen TATAATAGA und TATATAGA, wobei sie als Kosten 1 für eine Ersetzung und 2 für Einsetzung oder Löschen verwenden initialisieren sie die Matrix mit 0,2,4,6,... .
  • Welche ist die richtige Reihenfolge? (Es folgten mehrere Reihenfolgen der Klassifizierung in Kingdom, Species, Order usw...)
  • Geben Sie die Formel für die Wahrscheinlichkeit und den Erwartungswert an.
  • Was ist molekulare Evolution?
  • Was ist die binäre Nomenklatur und warum ist sie wichtig?

Im WS 2009/10 kamen 8 offene Fragen statt den MC-Fragen. Inhaltlich waren sie aber in etwa mit bisherigen Prüfungen vergleichbar und damit nicht übermäßig schwer oder detailliert.

Weitere Prüfungsordner finden sich bei den Materialien.

Literatur[Bearbeiten]

Skriptum zur Vorlesung (siehe unten)

Zeitaufwand[Bearbeiten]

Ohne die LVA besucht zu haben, sollte man ein Wochenende bis eine Woche zum Lernen einplanen, wichtig ist hierbei vor Allem das Verständnis.

hilfreiche Links[Bearbeiten]

Wichtige Abkürzungen

The Biocomputing Glossary

BioComputing Hypertext Coursebook

Bioinformatik: Modellierung und Simulation

Wikipedia zum Thema Bioinformatics (umfassend)

Wo gibts Mitschriften, Skripten, Folien...[Bearbeiten]

Das Skriptum der Vorlesung kann hier kostenlos heruntergeladen.

Es besteht aus den folgenden Teilen:

Das Passwort besteht aus der LVA-Nr (mit Punkt in der Mitte).

Verbesserungsvorschläge / Kritik[Bearbeiten]

noch offen